Le département de Lot-et-Garonne fut créé par décret du 9 février 1790 : ses limites correspondaient en gros à l'Agenais et ne furent modifiées qu'en 1808, lors de la création du Tarn-et-Garonne qui lui ôta les cantons de Montaigu, Auvillar et Valence-d'Agen. Après avoir décidé d'alterner le chef-lieu entre les principales villes, l'assemblée départementale y renonça dès 1791 : Agen l'emporta grâce à son passé historique sur Aiguillon et Tonneins.
Le département de Lot-et-Garonne offre aujourd'hui à peu près les mêmes limites que l'Agenais d'Ancien Régime qui n'était guère différent de la cité romaine (civitas Agennensis) ou du royaume des Nitiobroges l'ayant précédé.
Dès la préhistoire, la région était un carrefour peuplé. Occupée vers 400 avant J.C. par les Nitiobroges qui fondèrent Aginnum (l'actuel Agen), elle fut conquise par les Romains au 1er siècle avant notre ère et fut jusqu'au IVe siècle une cité prospère dans laquelle se développa le christianisme.
Compris dans le vaste empire des wisigoths au Ve siècle, l'Agenais fut ballotté au gré des partages mérovingiens et carolingiens (VIe-IXe s.), tout en jouissant d'une certaine indépendance avant que le duc de Gascogne ne mette la main dessus au Xe siècle, puis les comtes de Poitiers au siècle suivant.
Un temps réuni au domaine capétien par le mariage de l'héritière de Guillaume X de Poitiers, Aliénor d'Aquitaine, avec le fils du roi de France, le pays tomba dans l'escarcelle du roi d'Angleterre qui, en 1152, épousa Aliénor répudiée.
Désormais, et jusqu'à la fin du Moyen âge, l'Agenais devint un enjeu entre les souverains français et anglais désireux de s'implanter dans le sud-ouest. Ainsi durant la guerre contre les Albigeois (XIIIe siècle), comme durant la guerre de Cent Ans (XIV-XVe siècles), il fut au cœur des conflits et subit les ravages des bandes armées à la solde de l'un ou l'autre des adversaires.
Le pays retrouva cependant assez vite la paix et la prospérité après la victoire définitive de Charles VII sur les Anglais (1453). Nérac devint même au début du XVIe siècle le siège d'une cour brillante. Dans le même temps les idées de la Réforme progressaient et les protestants -nombreux à Clairac, Tonneins, Nérac et Gontaud- s'organisaient. Mais en 1561 la guerre civile éclate brusquement entre catholiques et protestants ravageant le pays.
Après l'accalmie du règne d'Henri IV (1589-1610), les luttes religieuses reprennent au XVIIe siècle, auxquelles s'ajoutent les révoltes de la Fronde. A la Révocation de l'Édit de Nantes (1685) de nombreux protestants émigrent tandis que la résistance s'organise au nord et au sud du pays.
Le XVIIIe siècle fut, au contraire, un temps de paix et de dynamisme économique surtout dans les villes, tandis que l'esprit des Lumières s'emparait d'une partie de la société urbaine.
Si la Révolution fut modérée en Agenais, elle n'en transforma pas moins les structures politiques, administratives et religieuses. Relativement calme politiquement, le département connut au cours du XIXe siècle un déclin économique et social important : les campagnes se désertifièrent et seule une immigration italienne massive entre les deux guerres mondiales permit le maintien d'une arboriculture qui forme encore l'essentiel de la production lot-et-garonnaise.
Ces terres de Moyenne Garonne connaissent depuis la deuxième moitié du XXe siècle un certain dynamisme urbain qui leur permettent de jouer le rôle de trait d'union entre Bordeaux et Toulouse.
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